কন্টেন্ট
- জিনোমিক্সের বর্তমান এবং ভবিষ্যত
- জিনোম ম্যাপিং ইন্ডাস্ট্রির নিডস
- সমাধানে কী প্রত্যাশিত?
- জেনোম সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য হ্যাডোপ কেন সেরা সমাধান
- কোনও বাগ নেই, কোনও স্ট্রেস নেই - আপনার জীবনকে বিনষ্ট না করে জীবন-পরিবর্তনশীল সফটওয়্যার তৈরির ধাপে গাইড আপনার ধাপ
- হাদোপ আর কি করতে পারে?
- হাদোপের জন্য সুযোগগুলি
- ক্রসবো: নেক্সট-জেনারেশন ডেটা ম্যানেজমেন্ট প্ল্যাটফর্ম
- অন্যান্য হ্যাডোপ-ভিত্তিক জিনোমিক্স সফ্টওয়্যার
- উপসংহার
সূত্র: এ 3701027 / ড্রিমসটাইম ডটকম
ছাড়াইয়া লত্তয়া:
জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের সমস্ত ডেটা হ্যান্ডেল করার জন্য শক্তিশালী প্রযুক্তি সরঞ্জাম প্রয়োজন এবং হ্যাডোপ কাজটি শেষ করে।
ক্লিনিকাল জিনোমিক্স একটি আকর্ষণীয় বিষয়, যেখানে লোকেরা দ্রুত এবং নির্ভুল ফলাফলগুলি প্রসেস করার জন্য কাটিয়া প্রান্ত প্রযুক্তিগুলিতে কাজ করছে। বাজারে প্রচুর জিনোম সিকোয়েন্সার রয়েছে, এবং তারা সিক্যুয়েন্স ডেটাগুলির পেটাবাইট তৈরি করছে এবং সিকোয়েন্সিংয়ের বৃদ্ধি অদূর ভবিষ্যতে ডেটাগুলির এক্সাবাইট তৈরি করতে চলেছে। এখানে, হ্যাডোপ জটিল জিনোমিক্স কাজের প্রবাহকে প্রক্রিয়াকরণের জন্য নিখুঁত প্ল্যাটফর্ম। হাদুপ প্রচুর পরিমাণে তথ্য সংরক্ষণ এবং সারণি করতে পারে এবং অর্থবহ বিশ্লেষণও সরবরাহ করতে পারে। (এটি সত্যিই কী পরিমাণ ডেটা দেয় তার একটি ধারণা পেতে, বোঝার বিটস, বাইটস এবং তাদের গুণকগুলি পড়ুন))
জিনোমিক্সের বর্তমান এবং ভবিষ্যত
আজ জিনোম ম্যাপিং উন্নয়নের শীর্ষে পৌঁছেছে। জিনোমিক্স শিল্পের সাথে যুক্ত অনেক লোক কৌতূহল নিয়ে ফেটে পড়ছে, এবং নতুন সুযোগগুলি যেমন উপস্থাপন করছে, তত উন্নত প্রযুক্তি হ'ল সময়ের প্রয়োজন। জিনোম সিকোয়েন্সিং একটি খুব পুনরাবৃত্তি এবং সংস্থান-নিবিড় কাজ। একমাত্র 2013 সালে, প্রায় 15 পেটাবাইট ডেটা তৈরি হয়েছিল, এবং কেবল 2,000 সিকোয়েন্সার দ্বারা। এই চোয়াল ফেলে দেওয়ার পরিমাণে 300 কেবি সিকোয়েন্সড হিউম্যান জিনোম ডেটা অন্তর্ভুক্ত। ডেটা উৎপাদনের এই হারে, অনুমান করা যায় যে 2018 সালের মধ্যে প্রায় এক এক্সাবাইট ডেটা উত্পাদিত হবে। এটি সিকোয়েন্সারগুলির বৃদ্ধির কারণে হবে, যা প্রতি রান দ্বারা আরও বেশি সংখ্যক ডেটা তৈরি করবে। আরেকটি কারণ হ'ল অত্যন্ত শক্তিশালী এবং কম দামের জিনোম সিকোয়েন্সিং মেশিনগুলির আবির্ভাব। ২০০৮ সাল থেকে এই মেশিনগুলির দাম ক্রমাগত হ্রাস পাচ্ছে। এটি শক্তিশালী পরবর্তী প্রজন্মের মেশিনগুলির কারণে যা বাজারে প্রবেশ করেছে।
জিনোম ম্যাপিং ইন্ডাস্ট্রির নিডস
জটিল অ্যালগরিদমগুলি মানব জিনোম থেকে সংগ্রহ করা ডেটা প্রক্রিয়াকরণের জন্য ব্যবহৃত হয়। তারপরে, এই তথ্যটি সংরক্ষণ করা দরকার। মূল ডেটার তুলনায় এটি ভবিষ্যতে পর্যালোচনা করা হতে পারে। 100 গিগাবাইট ডেটা প্রক্রিয়াকরণ এবং সংরক্ষণের কাজ খুব বেশি কঠিন নয়, বিশেষত আপনি যখন সিকোয়েন্সিং কেন্দ্রগুলিতে নিযুক্ত শক্তিশালী মেশিনগুলির সাথে এটি করছেন। অধ্যয়নগুলি দেখায় যে এই পরিমাণ ডেটা প্রায় 1000 সিপিইউ ঘন্টা সময়ে প্রক্রিয়া করা যায়, তাই এটি খুব সহজ। প্রযুক্তিগত অগ্রগতির এই হারে, এটি স্পষ্ট যে জিনোম শিল্প শীঘ্রই মাত্র কয়েক সেকেন্ডের মধ্যে কয়েক হাজার গিগাবাইট প্রক্রিয়াকরণ করবে।
যাইহোক, ডেটা পরিচালনা এবং স্টোরেজ কৌশলগুলি এত দ্রুত বিকশিত হচ্ছে না, যার কারণে মূল্যবান ডেটার একটি বড় ক্ষতি আশা করা যায়। এটি সত্যই অনাকাঙ্ক্ষিত, কারণ এটি মানব জিনোমিক্সে করা অগ্রগতিগুলিকে মারাত্মকভাবে বাধা দেবে। সুতরাং, সহজেই আপডেট করা যায় এমন একটি দক্ষ ডেটা ম্যানেজমেন্ট টেকনিকের প্রয়োজন খুব বেশি। এটি বিশেষ করে অদূর ভবিষ্যতে কার্যকর হতে পারে, যেখানে জিনোম ম্যাপিং শক্তিশালী কম্পিউটারগুলির সাথে বড় ল্যাবগুলি থেকে ছোট হাসপাতাল এবং ল্যাবগুলিতে স্থানান্তরিত হবে।
সমাধানে কী প্রত্যাশিত?
যে গতিতে নতুন জিনোমিক সিকোয়েন্সিং কৌশলগুলি আবিষ্কার করা হয়েছে এবং এটি বিকাশ করা হয়েছে তা অত্যন্ত উচ্চ। এই গতি বড় বড় রোগ নির্মূল করার দিকে একটি শক্তিশালী পদক্ষেপের আকারে চিকিত্সা বিজ্ঞানের পক্ষে খুব উপকারী হতে পারে। তবে এই গতি খুব চ্যালেঞ্জিংও হতে পারে।
চ্যালেঞ্জটি সিকোয়েন্সিং প্রকল্পগুলি দ্বারা উত্পাদিত প্রচুর পরিমাণে ডেটা পরিচালনা করার আকারে আসে। সুতরাং, একটি কার্যকর সমাধান প্রয়োজন যা বড় ডেটা সংরক্ষণ এবং প্রক্রিয়াকরণে সহায়তা করবে। এই সমাধানটি অবশ্যই সস্তা এবং দ্রুত হওয়া উচিত, যখন খুব অভিযোজিতও হয়। এই সমাধান দ্বারা সরবরাহিত বিশ্লেষণ অবশ্যই সঠিক এবং ধ্রুবক হতে হবে। তাহলে, সমস্যার সমাধান কী? নিঃসন্দেহে এটি হ্যাডোপ। (হ্যাডুপের ব্যবহার সম্পর্কে আরও তথ্যের জন্য, একটি পরিষেবা হিসাবে বড় ডেটা (হাদুপ) সম্পর্কে 5 অন্তর্দৃষ্টি দেখুন))
জেনোম সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য হ্যাডোপ কেন সেরা সমাধান
জিনোমিক্স শিল্পের যা দরকার তা হ'ল একটি উন্নত সমাধান যা তাদের কার্যকরভাবে ডেটা পরিচালনা করতে, এটি প্রক্রিয়া করতে এবং ভবিষ্যতের ব্যবহারের জন্য এটি সঞ্চয় করতে সহায়তা করে। এই সমাধানটি হ্যাডোপ সফ্টওয়্যারটির সাথে একটি নিখুঁত মিল বলে মনে হচ্ছে। সুতরাং, হ্যাডোপকে নিখুঁত বড় ডেটা ম্যানেজমেন্ট সফটওয়্যার হিসাবে বিবেচনা করা যেতে পারে যা জিনোমিক্স শিল্পের বর্তমান ডেটা স্টোরেজ কৌশলগুলিকে ব্যাপকভাবে উন্নত করতে পারে।
হাদুপের রিয়েল-টাইম ক্ষমতাগুলি জিনোম সিকোয়েন্সারদের পক্ষে রিয়েল টাইমে একবারে প্রচুর পরিমাণে ডেটা বিশ্লেষণ এবং সঞ্চয় করতে সক্ষম করে। এটি ডেটার ভবিষ্যতের ব্যবহারকে সক্ষম করে। হ্যাডোপ অনেকগুলি উত্তরাধিকার ব্যবস্থাকে পরাজিত করতে পারে, কারণ এটি তাদের চেয়ে অনেক দ্রুত এবং আরও নির্ভরযোগ্য।
কোনও বাগ নেই, কোনও স্ট্রেস নেই - আপনার জীবনকে বিনষ্ট না করে জীবন-পরিবর্তনশীল সফটওয়্যার তৈরির ধাপে গাইড আপনার ধাপ
কেউ যখন সফ্টওয়্যার মানের সম্পর্কে চিন্তা করে না তখন আপনি আপনার প্রোগ্রামিং দক্ষতা উন্নত করতে পারবেন না।
হাদোপ আর কি করতে পারে?
হাদুপের কারণে জিনোমিক্স এবং জিন সিকোয়েন্সিংয়ের ক্ষেত্রে বিপুল সংখ্যক সম্ভাবনা ও সুযোগ উন্মুক্ত হয়েছে। হাডোপ সমান্তরাল কম্পিউটিং বিকল্পগুলি সরবরাহ করে যার কারণে দ্রুত সিকোয়েন্সিং সম্ভব। এছাড়াও, হ্যাডোপের ম্যাপ্রেডস ফাংশনটি ব্যবহার করে বিপুল সংখ্যক জিন খুব সহজেই ম্যাপ করা যায়। এর কারণে, হ্যাডোপের সাথে সিকোয়েন্সিং সত্যই "নেক্সট-জেন" হয়ে যাবে এবং আরও কম জটিল হবে।
হাদোপের জন্য সুযোগগুলি
জেনোম শিল্পে হাদুপের বেশ কয়েকটি সুযোগ রয়েছে তবে জিনস অ্যান্ড ডেভেলপমেন্ট জার্নালে লিন্ডা চিনের "ক্যান্সারের জিনোমিক ডেটা বোধ তৈরি করা" নিবন্ধ থেকে সেরাটি উত্পন্ন হয়েছিল। এই নিবন্ধে, তিনি আলোচনা করেছেন যে কীভাবে আধুনিক জিনোমিক্স নতুন দরজা খুলেছে এবং এটি ক্যান্সার সম্পর্কিত জিনোমিক তথ্য আবিষ্কারের মতো অনেক ইতিবাচক ফলাফলের দিকে নিয়ে গেছে। এ কারণে আমরা ক্যান্সারে আক্রান্ত নিরাময়ের সন্ধান করতে আরও কাছাকাছি। তবে ক্ষেত্রের আরও ভাল গবেষণার দক্ষতার জন্য এটি আরও একটু মনোযোগ এবং একটি শক্তিশালী ডেটা ম্যানেজমেন্ট অ্যাপ্লিকেশন প্রয়োজন। এটি গতি, শক্তি এবং যথার্থতা প্রমাণ করার জন্য হাদুপের পক্ষে সেরা সুযোগ হতে পারে।
ক্রসবো: নেক্সট-জেনারেশন ডেটা ম্যানেজমেন্ট প্ল্যাটফর্ম
জিনোম পুনরায় সিকোয়েন্সিং বিশ্লেষণের জন্য ক্রসবো, যা একটি সফ্টওয়্যার পাইপলাইন, এটি অন্যতম সেরা সমাধান। এটি সিকোয়েন্সড ডেটা সারিবদ্ধ করার জন্য দ্রুত অ্যালগরিদমের মধ্যে হ্যাডোপের মধ্যে সংহতকরণের ফলস্বরূপ, যার নাম বোটি, এবং একটি শক্তিশালী অ্যালগরিদম যা সিকোয়েন্সড ডেটা তুলনা করে এবং পরীক্ষা করে, অর্থাৎ সোপএসএনপি নামের একটি জিনোটাইপার। এটি অ্যাপাচি হাদোপের উপর নির্মিত এবং মানচিত্রের ফ্রেমওয়ার্কের প্রয়োগের উপর ভিত্তি করে। ক্রসবো পোর্টেবল, স্কেলেবল এবং ক্লাউড কম্পিউটিং টুল হিসাবে এটি উপযুক্ত।
এই শক্তিশালী সংহতকরণের সাথে, 10 টি নোডযুক্ত একটি স্থানীয় ক্লাস্টারে মাত্র একটি দিনে সম্পূর্ণ জিনোম পরীক্ষা করা যায় can একটি 40-নোড ক্লাস্টার সহ, প্রক্রিয়াটি আরও দ্রুততর হয় এবং মোট ব্যয় $ 100 এরও কম মাত্র তিন ঘন্টার মধ্যে শেষ হয়! ক্রসবো-এর যথার্থতা পরীক্ষা করতে পরিচালিত একটি সমীক্ষায় দেখা গেছে যে এটি প্রতিটি জিনোমকে 99 শতাংশ নির্ভুলতার সাথে তুলনা করতে পারে। ক্রসবোনের আর একটি সহায়ক বৈশিষ্ট্য হ'ল এটি মেঘের উপরে চলে। সুতরাং, ক্রসোবো হাজার হাজার ভবিষ্যতের সিকোয়েন্সিং সেন্টারগুলিকে, হাসপাতালের মতো কোনও শক্তিশালী, ব্যয়বহুল কম্পিউটার এবং প্রযুক্তির প্রয়োজন ছাড়াই বৃহত পরিমাণে জিনোম ডেটা সিক্যুয়েঞ্জ করতে সক্ষম করবে।
অন্যান্য হ্যাডোপ-ভিত্তিক জিনোমিক্স সফ্টওয়্যার
জিনোমিকের জগতে পরিবর্তন আনতে অনেক সংস্থা হাদোপের শক্তি স্বীকৃতি দিয়েছে। উন্নত জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের সম্ভাব্যতার জন্য এটি হ্যাডোপকে উপযুক্তভাবে সংশোধন করেছে। বিখ্যাত হাদুপ-ভিত্তিক জিনোম সিকোয়েন্সিং সমাধানগুলির কয়েকটি উদাহরণ নীচে দেওয়া হয়েছে:
- হ্যাডোপ-বিএএম: এটি জেনোটাইপিংয়ের মতো জিনোমিক্স সম্পর্কিত বিভিন্ন ক্রিয়াকলাপের জন্য হ্যাডোপের ম্যাপ্রেডস ফাংশনটি ব্যবহার করে এমন একটি শক্তিশালী ডেটা ম্যানেজমেন্ট সরঞ্জাম। এটি বাইনারি সারিবদ্ধকরণ / মানচিত্র বিন্যাসে কাজ করে।
- ক্লাউডবার্স্ট: এই হ্যাডোপ-ভিত্তিক সমাধানটি ২০০৯ সালে তৈরি হয়েছিল। এটি জিনোম সিকোয়েন্সগুলির তুলনা এবং পৃথক জিন ম্যাপিংয়ে অত্যন্ত দক্ষ। এটি এই উদ্দেশ্যে তৈরি করা প্রথম হ্যাডোপ-ভিত্তিক অ্যাপ্লিকেশনগুলির মধ্যে একটি।
উপসংহার
বড় ডেটা এবং জিনোমিক্স শিল্পের মধ্যে সংহতকরণ আধুনিক যুগে এক বর হিসাবে প্রমাণিত হচ্ছে। এই প্ল্যাটফর্মগুলি ক্যান্সারের মতো বেশ কয়েকটি রোগের চিকিত্সার আবিষ্কারে কার্যকর। জিনোম ম্যাপিংয়ের সাহায্যে পাওয়া তথ্যটি এই জাতীয় রোগগুলির প্রতিরোধমূলক তথ্য গঠনের জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে। বড় ডেটার উদ্ভবকে জিনোমিক্সের বিশ্বে একটি টার্নিং পয়েন্ট হিসাবে বিবেচনা করা যেতে পারে, এবং যদি তথ্যটি বুদ্ধিমানের সাথে ব্যবহার করা হয় তবে সম্ভবত স্বাস্থ্যসেবার বিস্তৃত ক্ষেত্রেও। এই ক্ষেত্রটির অগ্রগতির একমাত্র উপায় হ্যাডোপের মতো সঠিক ডেটা ম্যানেজমেন্ট সরঞ্জাম ব্যবহার।